История обители насчитывает более восьми веков. В XII веке в 10 км от Великого Новгорода чернец Варлаам облюбовал место для пустынножительства. Оно считалось плохим, отсюда и название «Худынь». Но силой молитвы чудотворец изгнал злые силы, и в 1192 году возвёл первую каменную церковь (не сохранилась). Спасо — Преображенский собор построен после присоединения Новгорода к Москве в 1515 году.
В настоящее время монастырь представляет собой архитектурный комплекс XVI – XIX вв. На его территории находится святая горка с часовней Варлаама Хутынского, недалеко от обители — святой колодец.
