Рождение селения Малая Вишера связано со строением железнодорожной магистрали
Первоначальное название было «Концы», происходившее от близлежащего села. Было ли село концом тупиковой дороги, перекрестка — неизвестно, но открытый остановочный пункт не являлся тупиковым, а располагался на линии
18 декабря 1871 года состоялись торжества по случаю перевода поселения на станции Малая Вишера в разряд посада. На магистрали лишь три вокзала имели высший разряд — в Малой Вишере, Бологом и Твери.
С Малой Вишерой связано несколько эпизодов, в определенной мере повлиявших на ход исторических событий. В ночь на 1 марта 1917 года здесь остановился Царский поезд, Государю доложили, что Любань и Тосно заняты восставшими. «Ночью повернули с М.Вишеры назад», — записал Николай II в. дневнике.
Маленький провинциальный городок Малая Вишера и его окрестности всегда были излюбленным местом отдыхи столичной знати и даже царствующих особ. Александр II среди российских правителей XIX столетия слыл страстным охотником. У него, как и у каждого охотника, были свои любимые виды охоты. Именно при Александре II медвежья охота вошла в моду высочайшего двора. В здешних местах также предпочитал охотиться русский поэт
10 марта 1918 года на станции Малая Вишера поезд с Владимиром Ильичом Лениным столкнулся с враждебно настроенными анархистскими матросами, самовольно бежавшими с фронта. «Анархистский поезд» был разоружён с помощью латышских стрелков.
В 1918–1927 годах Малая Вишера была административным центром Маловишерского уезда Новгородской губернии.
В истории Великой Отечественной войны М. Вишера стала первым городом, освобожденным от