Существующее сейчас в полуразрушенном виде здание храма заложено по повелению императора Николая I в 1837 году на месте существовавшей ранее деревянной церкви. В 1841 году вновь построенную каменную церковь освятили. Это был большой пятиглавый храм с синими куполами, украшенными звёздами, с трапезной и колокольней. Церковь имела два придела: главный во имя Живоначальной Троицы и левый в честь святых отроков Иоанна и Иакова Менюшских, мощи которых покоились в склепе под храмом.
В 1890-е годы в храме был устроен третий придел во имя святителя Николая. В 1930-е годы Троицкую церковь закрыли, здание приспособили для хозяйственных нужд. В настоящее время в день памяти святых Иакова и Иоанна 7 июля в Менюше служится литургия с водосвятным молебном, совершается крестный ход на Святое озеро. Мощи святых отроков по-прежнему почивают под спудом в посвященной им церкви в Менюше.
