Заказник «Карстовые озёра» расположен на территории Хвойнинского, Боровичского и Любытинского районов и состоит из 8 изолированных друг от друга лесных массивов, прилегающих к крупным или скоплению более мелких озёр. Самой длинной цепочкой озёр считается Молодиленская группа, в которой все озёра находятся на небольшом расстоянии друг от друга и связаны между собой протоками или подземными водотоками.
В этой группе преобладают карстовые озера, которые в большинстве случаев представляют собой периодические разливы, пересекающие долины ручьёв и рек, впадающих в провальные карстовые воронки и пещеры. Часть озёр имеет лишь подземный сток и питание только подземными водами. Они нередко высыхают, оставаясь летом совсем без воды, которая уходит по подземным водотокам. Так, озеро Ямное ежегодно покидает свои берега, вода уходит в большую провальную яму.
В это время по дну озера течёт речка Ямница, которая через систему рек и озёр связывает озеро Шерегодро с рекой Удиной. Шерегодро – одно из самых крупных карстовых озёр области. Озеро Городно при понижении уровня воды распадается на несколько частей. Примерно раз в 20 лет вода из него уходит полностью, озеро становится пастбищем.
На территории заказника встречаются редкие виды растений, некоторые из которых занесены в Красную книгу Новгородской области. Животный мир заказника также разнообразен и характерен для таёжных экосистем. Здесь обитают занесённые в Красную книгу Российской Федерации скопа и европейская чернозобая гагара, а также занесённая в Красную книгу Новгородской области белка-летяга.
